Onkogenetické soupravy pro NGS

EliGene® GIST NGS
  • EliGene® GIST NGS
  • EliGene® GIST NGS

EliGene® GIST NGS

Účel použití

EliGene® GIST NGS souprava je určena pro multiplexovou PCR cílových sekvencí v rámci genů c-Kit (Exony 9, 11, 13, 14, 15, 16, 17) a PDGFRalfa (Exony 8, 10, 12, 14, 18) umožňujících detekci polymorfismů v rámci amplifikovaných cílových oblastí.

Úvod

Pomocí EliGene® NGS kitů dochází v jedné nebo více multiplexových PCR k amplifikaci cílových oblastí z jednoho vzorku. K amplifikaci je využit ready-to-use mastermix obsahující hot-start DNA polymerázu. Výsledné amplikony jsou následně 100x zředěny. V následné PCR reakci za použití EliGene® Adaptor-IL NGS soupravy jsou ke všem amplikonům z prví PCR přidány MID sekvence společně s p7 a p5 adaptory nutnými pro sekvenaci na sekvenátoru MiSeq (Illumina). Výsledné amplikony z jednoho vzorku jsou následně smíchány dohromady dle daného postupu, přečištěny od sekvencí kratších 150 bp a kvantifikovány pomocí Real-Time PCR za využití standardů. Takto přečištěné a označené amplikony jednotlivých vzorků jsou následně ve stejném poměru smíchány dohromady za vzniku výsledné směsi amplikonů pro sekvenční reakci. Sekvenační reakce je poté provedena na přístroji MiSeq (Illumina) dle návodu výrobce za použití specifických sekvenačních primerů z EliGene® Adaptor-IL NGS soupravy. V rámci sekvenčního běhu je provedena můstková PCR pro vytvoření jednotlivých klastrů, na kterých jsou prováděná jednotlivá sekvenační čtení.

Princip metody

EliGene® NGS kity umožňují multiplexovou PCR požadovaných cílových oblastí v rámci analyzovaných genů. Doporučené množství vstupní DNA do této multiplexové reakce je mezi 20-100 ng DNA získané izolací z formalinem fixovaných parafinových bločků (FFPE) nebo krve. Následně jsou takto získané amplikony z jednotlivých vzorků označeny MID sekvencemi a smíchány dohromady. Takto připravený vzorek je následně kvantifikován a sekvenován pomocí NGS přístroje Illumina umožňující multi-paralelní sekvenaci (MPS) dle návodu výrobce. Výsledné sekvence jsou následně srovnány s referenčními sekvencemi jednotlivých analyzovaných genů pro identifikaci polymorfismů.

Klinický materiál a doporučená izolace DNA

Krev

Manuální: EliGene Urine Isolation Kit (ELISABETH PHARMACON)
Automatická: Zephyrus Magneto (ELISABETH PHARMACON)

FFPE bločky  

Manuální: BiOstic® FFPE Tissue DNA Isolation Kit (MOBIO)

CE IVD

Položky Kat. č. Balení Cena bez DPH DPH  
(CE) 90068-NGS 24 reakcí na vyžádání 21 %

MSDS EliGene GIST NGS PDGFR NGS Mix CZ

(publikováno 25.07.2018, velikost 544.2 kB)

MSDS EliGene GIST NGS c-Kit NGS Mix CZ

(publikováno 25.07.2018, velikost 544.4 kB)

MSDS EliGene GIST NGS PC GIST NGS CZ

(publikováno 25.07.2018, velikost 543.6 kB)

Návod k použití GIST NGS

(publikováno 14.08.2018, velikost 794.9 kB)

Může vás ještě zajímat

Rukavice

Běžné vyšetřovací rukavice

Sterilní rukavice

Speciální rukavice (chemo)